Interesante tema quisiera hacer algunos aportes desde mi punto de vista.
No existe un alfabeto mapuche sino cinco, pero los que han sido validados para efectos de estudio académico son dos: uno propuesto por la sociedad de lingüística de Chile y el otro propuesto por Anselmo Raguileo. Las diferencias son mínimas siendo una de ellas generada por la tipología (vocálica para unos o consonántica para otros) de un fonema en particular representado por /V/.
No puede ser lo mismo un idioma, que una lengua o que un dialecto, en este caso el mapudungun (lengua de la tierra) o chedungun (lengua de la gente), es clasificado como una lengua ágrafa en proceso de escriturización.
Hay dos tipos de hablantes del mapudungun, mapuche urbano y el rural. Las diferencias parecen mínimas pero son radicales en su fondo. Los primeros presentan al español como primera lengua y al mapudungun como segunda, por lo tanto su estructura mental sigue los cánones de una cultura occidental principalmente caracterizada por la abstracción y sus tecnologías de la palabra se basan en la escritura para sustentar el recuerdo. (Oralidad secundaria llama a este fenómeno Walter Ong). Y los segundos presentan al mapudungun como primaria y al español como secundaria y como tal no presentan en sus estructura mental la abstracción, sino lo referencial directo (Oralidad primaria la llama Ong y Parry), esto explica en parte el bajo rendimiento escolar de un niño mapuche rural, no así el urbano el cual por ser bilingüe tiene mayores capacidades que un monolingüe.
Los alfabetos si bien tienen una etimología Griega, su significado a cambiado bastante con el tiempo y hoy en día es bastante polisémica dependiendo de la ciencia o disciplina científica que la maneje. Por ejemplo hablar de un alfabeto fonético o fonológico no presenta un error, el primero representa los sonidos reales de una lengua y el segundo representa los sonidos ideales de una lengua. Inclusive algunos hablan del abecedario fónico.
Acá tienen un ejemplo de alfabeto fonético.
http://www2.arts.gla.ac.uk/IPA/ipachart.html
Acá uno de abecedario Fónico.
http://www.datamex.com.py/guarani/neepukuaa/abecedario_fonologico.html
Generalmente los grafemas o fonemas son tomados no del español, sino del inglés que es la lengua en la cual se inician los estudios de Fonología y Fonética. A pesar que ya hace 2000 años algunos monjes la utilizaban para el registro de los cantos religiosos y en 1653 se hizo la primera clasificación de vocales y hacia 1870 se inaugura el estudio de la fonética acústica. Por lo tanto la representación visual del sonido es un alfabeto universal basado en símbolos visuales de acepción común.
Y por último señalar que dentro de los mapuche existían cinco ramas: Los picunches(gente del norte), los huilliches (gente del sur), los puhuenches (gente del este o del piñon), los lafquenches (gente del mar) y los mapuche (gente de la tierra). Esta clasificación de familias tenía diferencias en el idioma y costumbres. Por ejemplo pangui es león, y nahuel tigre, pero en chile no existen los tigres se extinguieron hace 8.000 años (Smilodon), de ejemplos como este se desprenden dos teorías una evolutiva y otra linguistica, la evolutiva dice que el mapuche tuvo contacto con un sector del amazona probablemente Paraguay, y la lingüística dice que este sonido representa la onomatopeya del felino (nahuel) deriba de "nau" que es el rugido del animal y hue que significa lugar. Al igual que /co/ (agua), /raf/ (viento) /truf truf/ (nombre de una cascada) que son los sonidos que emiten los fenómenos naturales y los mapuche le asignaban tal nombre.
Otros datos curiosos son por ejemplo y con esto termino.
No todos los grupos fueron guerreros y no todos están actualmente en conflicto.
Por ejemplo los huilliches tienen apellidos como: Levinieri o Panichini, que se asimilan más al Italiano y ellos son productores lecheros principalmente de la Colún.
Los lafquenches se dedicaban más al intercambio comercial, y algunos principalmente del sector de Carahue o puerto Saavedra, son de tonalidades más blancas y ojos azules. Así es que si quieren encontrar a una como Jimena Huillipan con ojos de color vayan a ese lugar.
Sin afán de polemizar sino de contribuir a la discusión.
Gracias por el aporte.