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Las mutaciones del coronavirus SARS-CoV-2 y estructura de su glicoproteína espicular 3D

Tema en 'Ciencia y Tecnologia' comenzado por impedanci, 10 de Marzo de 2020.

  1. impedanci El Marquez del Foraze

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    los matinales, mijo, eso me ha ayudado mucho, pura elite intelectual en la tv chilena
     
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  2. Dmrdr Maestre de la Insapiencia PollaGOT ★★★★★

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    Un virus que mata a todos los infectados limita enormemente su potencial para diseminarse. Desde el punto de vista evolutivo lo más eficiente es una elevada transmisibilidad y una baja letalidad :sisi:
     
  3. impedanci El Marquez del Foraze

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    usted entendió

    Lo habitual es que las cepas que mejor se adapten al ser humano (es decir, las que tengan una letalidad reducida y produzcan síntomas más leves) sean las que se acaben propagando con mayor facilidad. Pues al coronavirus le «interesa» sobrevivir el máximo tiempo posible entre los humanos y que no le pase lo que pasó con el SARS-CoV (cuya epidemia fue contenido y desapareció de la circulación entre los humanos).
     
  4. impedanci El Marquez del Foraze

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    Sobre el contagio asintomático del coronavirus 2019-nCoV de Wuhan

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    La información de la epidemia del coronavirus 2019-nCoV de Wuhan avanza a un ritmo difícil de seguir. El 29 de enero apareció en prensa que este virus es contagioso antes de presentar síntomas (durante el periodo de incubación). Hoy se publican en The New England Journal of Medicine las primeras pruebas de este hecho. Los primeros contagiados en Alemania se contagiaron y contagiaron sin presentar síntomas hasta cuatro días más tarde.

    La paciente 0 llegó de Shanghái (China) a Múnich (Alemania) el 19 de enero sin síntomas aparentes; empezó a mostrar síntomas en su vuelo de retorno el 22 de enero y el 26 de enero dio positivo al virus. El 27 de enero la empresa informó a sus empleados; se buscó quienes se hubieran reunido con ella. El paciente 1 (33 años) mostró los primeros síntomas el 24 de enero (dolor de garganta, escalofríos y mialgias); el día siguiente tuvo fiebre (39.1 °C) y tos productiva; se recuperó y volvió a trabajar el 27 de enero. El aviso de la empresa le hizo solicitar el mismo día un análisis qRT-PCR; dio positivo al virus (una carga viral de 108 copias por mililitro).

    El 28 de enero otros tres empleados de esta empresa dieron positivo al virus 2019-nCoV. Solo el paciente 2 tuvo contacto con el paciente 0; los pacientes 3 y 4 solo tuvieron contacto con el paciente 1. Los cuatro pacientes alemanes (que sufrieron casos leves de la neumonía que no requería hospitalización) están ingresados en la unidad de enfermedades infecciosas de Múnich para su aislamiento y control. Todo apunta a que la infección se produjo de forma asintomática. Aún así, no debe cundir la alarma, la carga viral del paciente 1 es muy alta, pero su viabilidad no se ha podido demostrar mediante cultivo viral.

    Más información en el breve artículo de Camilla Rothe, Mirjam Schunk, …, Michael Hoelscher, “Transmission of 2019-nCoV Infection from an Asymptomatic Contact in Germany,” The New England Journal of Medicine (30 Jan 2020), doi: https://doi.org/10.1056/NEJMc2001468.

    Recomiendo de forma encarecida el seguimiento de la epidemia en tiempo real realizado por el microbiólogo Ignacio López-Goñi, “Sigue a tiempo real la epidemia de coronavirus: El nuevo coronavirus chino 2019-nCov”, microBIO, 21 ene 2020. A quienes vivan en Bilbao (creo que también se podrá seguir vía streaming) les recomiendo la charla “El coronavirus de Wuhan, ¿qué sabemos hasta ahora?” que impartirá Ignacio López Goñi en la Sala Mitxelena del Bizkaia Aretoa (Abandoibarra Etorbidea, 3) de Bilbao el próximo jueves 6 de febrero a las 19:00 horas. Anuncio oficial
     
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  5. ANAGRAMA [email protected]

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  6. impedanci El Marquez del Foraze

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    y que le pareció?
     
  7. chitock2 Plasta [email protected]

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  8. Underdown Plasta

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    Parece el buscaminas...
     
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  9. impedanci El Marquez del Foraze

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    esa es la matriz de ubicacion y caracterización de mutaciones, puede ver en una columna la posición del gen viral y en la otra el nucleotido respectivo
     
  10. ruizvial Animal

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    Esa matriz asi como es esta, es susceptible de meterle algunas tecnicas de agrupacion estadistica ... ahora si tienes de otros virus parecidos ... puta ahi hay una fuente de datos para IA bastante interesante.
     
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  11. impedanci El Marquez del Foraze

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    Esa matriz es generada por ordenador, seguramente se pueden aplicar muchas técnicas del big data y sacar algunas conclusiones adicionales, pero para mayor detalle debes contactar a los creadores del artículo
     
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  12. AdPecito Hincha Huevas

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    Excelente aporte, estaba buscando en la web información virologica como esta. Muchas gracias por el aporte
     
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  13. dark_light [email protected]'e Puta

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    buen tema simpadrito se aprendió mucho en resumen un virus con fatalidad muy leve es lo más fácil para propagación humana.
     
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  14. Dj tactical nuke Saco de Huevas

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    Se agradece cimpa.
     
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  15. Mr Blonde Claudelover-Putinlover

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    mientras tanto los Antivacunas.
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  16. K4nnon Plasta [email protected]

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    Pasapalabra
     
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  17. soushiro Hagen ★★★★★

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    esperemos a ver cuanto van a cobrar los judios de israel por la vacuna que ya está lista:tecito:
     
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  18. impedanci El Marquez del Foraze

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    La estructura tridimensional de la polimerasa de ARN del coronavirus SARS-CoV-2

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    El ARN del coronavirus humano SARS-CoV-2 (LCMF, 25 ene 2020) codifica la poliproteína ORF1b que se escinde en varias proteínas relevantes en su replicación. Una de ellas es la polimerasa de ARN dependiente de ARN, llamada RdRp, o nsp12, clave en la catálisis de la síntesis del ARN del virus y diana de fármacos antivirales como remdesivir y sofosbuvir. Se acaba de publicar en bioRxiv la estructura tridimensional del complejo proteico nsp12-nsp7-nsp8; se ha obtenido por criomicroscopia electrónica (cryo-EM) con una resolución de 2.9 Å. Además de ayudar a entender cómo actúan remdesivir y sofosbuvir, se espera que permita desarrollar nuevos antivirales específicos contra COVID-19 que sean más eficaces.

    Los seguidores de este blog sabéis que me apasiona la biología estructural y que me parecen impresionantes las reconstrucciones por cryo-EM. El artículo es Yan Gao, Liming Yan, …, Zihe Rao, “Structure of RNA-dependent RNA polymerase from 2019-nCoV, a major antiviral drug target,” bioRxiv preprint (16 Mar 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.16.993386. Seguro que se publicará en Nature Communications, como ya lo hizo el artículo sobre SARS-CoV-2, Robert N. Kirchdoerfer, Andrew B. Ward, “Structure of the SARS-CoV nsp12 polymerase bound to nsp7 and nsp8 co-factors,” Nature Communications 10: 2342 (28 May 2019), doi: https://doi.org/10.1038/s41467-019-10280-3.


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    La estructura 3D del complejo proteico nsp12-nsp7-nsp8 del coronavirus humano SARS-CoV se publicó en Nature Communications en 2019. Comparte muchas semejanzas (estructuras conservadas) con la de SARS-CoV-2 (antes llamado 2019-nCoV). Pero las pocas diferencias son claves para el desarrollo de antivirales específicos contra COVID-19. Esta figura muestra las diferencias entre las secuencias de aminoácidos de la proteína nsp12 del nuevo coronavirus humano SARS-CoV-2 (2019-nCoV en la figura), el coronavirus humano SARS-CoV y el coronavirus de murciélagos RaTG13. Parecen pocas diferencias, pero son suficientes para que los antivirales más eficaces contra SARS no sean los más eficaces contra COVID-19.

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    La estructura tridimensional a escala atómica de la proteína nsp12 permite estudiar con todo lujo de detalles su interacción con antivirales. En esta figura se muestra las interacciones propuestas para remdesivir y sofosbuvir. Supongo que ya sabrás que tres hospitales españoles han iniciado ensayos con remdesivir contra el Covid-19 (Marta Riesgo, “España inicia ensayos con remdesivir para tratar el Covid-19. Remdesivir, de Gilead, se estudiará en pacientes con coronavirus en hospitales de País Vasco, Madrid y Barcelona”, Gaceta Médica, 15 mar 2020). Todos esperamos que sean exitosos, como sugieron dos estudios previos, uno in vitro en China y otro in vivo con el primer paciente de Washington (Manli Wang, Ruiyuan Cao, …, Gengfu Xiao, “Remdesivir and chloroquine effectively inhibit the recently emerged novel coronavirus (2019-nCoV) in vitro,” Cell Research 30: 269-271 (04 Feb 2020), doi: https://doi.org/10.1038/s41422-020-0282-0; Michelle L. Holshue, Chas DeBolt, …, Satish K. Pillai, “First Case of 2019 Novel Coronavirus in the United States,” The New England Journal of Medicine (NEJM) 382:929-936 (05 Mar 2020), doi: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001191).

    No soy experto en estas lides, así que no entraré en una discusión detallada de las diferencias entre las estructuras 3D de la polimerasa de ARN nsp12 de SARS-CoV y SARS-CoV-2. Los lectores interesados en dichos residuos pueden consultar el artículo en bioRxiv. Solo quiero resaltar que nsp12 es una diana excelente para el desarrollo de nuevas terapias antivirales. Ya se conocen varios fármacos que la inhiben que podrían formar parte de los cócteles antivirales que se acaben usando en la práctica clínica. Hay quien duda de que se logre una vacuna (que como muy pronto llegará a finales de 2020), pero lo que está claro es que mucho antes habrá tratamientos eficaces con antivirales, la gran esperanza para los infectados.
     
  19. Mediodia77 [email protected]'e Puta

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    Fue creado en Lavoratorio, no vengas con weas.
     
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  20. impedanci El Marquez del Foraze

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