Los hechos que apuntas son verídicos. Sin embargo, y sólo a modo de apreciación personal, creo que la obra de Portales quedó inconclusa. Poniéndonos en los zapatos de Portales, comprendo plenamente su actuar. Ante todo el desorden imperante en la década de 1820, es claro que se necesitaba orden y mano firme. Aunque él no lo haya querido así, igual terminó siendo una especie de "padre civil" de la Patria.
Tratar de invalidar a Portales por su distanciamiento con la causa independentista en su momento es como querer invalidar a cualquier político actual por no haber participado en su momento de la oposición a Pinochet.
Por cierto... qué "padres de la Patria" persiguió Portales? Las Heras, Beaucheff, Viel, Rondizzoni? No po, hablemos en serio. Freire? Ese te lo compro... pero hasta por ahí no más. Si bien no está 100% comprobado, todo indica que terminó vendiéndose al cholo Santa Cruz. Acaso la expedición que comandaba en 1836 no era golpista? Historiografía al respecto hay, por lo pronto te cito a Villalobos y su "Chile y Perú", donde cita cartas al respecto.
Vamos por parte colega.
1.- Sí, hubo desórden durante los años 20, como también lo hubo durante los años 30, pese a la represión, y uno terminó con el tiranicidio de Porales. Ahora bien, la diferencia entre los desórdenes (motines militares) de la década del 20 y los del 30, es que los motines de los años 20 se produjeron por causas económicas (principalmente sueldos impagos), mientras los del 30 fueron por causas políticas (resistencia).
En el plano civil. La historiografía conservadora siempre ha hablado de "anarquía", principalmente porque para ellos (especialmente la tripe E: Edwards, Encina y Eyzaguirre) la existencia de asambleas, cabildos, federalismo,etc. se opone directamente a su propia ideología, que es un estado centralizado, sin participación ciudadana (Así como criticas de Salazar su ideologismo, lo mismo le podemos criticar a ellos, sólo que se cambia Marx por Spengler).
Para tener una opinión acabada sobre el período hay que leer a los liberales también ("Juicio histórico a Diego Portales" de Lastarria es cortito y bien bueno, "Chile bajo el imperio de la constitución de 1828" de Errázuriz es más completo, pero más militante que Lastarria). Si la intención de los gobernantes del período era, precisamente, dar libertad a los distintos pueblos para que buscaran la mejor forma de organización, es normal que tuvieran que haber experimentos fallidos, como el de 1823. Lo importante es que si un pueblo se equivoca -y tiene derecho a equivocarse, como un niño que está creciendo- se equivoque en base a la convicción mayoritaria, y no en base a lo que piense un par de hueones, como pasó a partir de 1833.
2.- Portales persiguió a Freire y a más de 100 oficiales que dio de baja, los derrotados de Lircay. Entre ellos los que mencionas (Se dio de baja a 4 de los 5 que nombraste, sin sueldo, sin indemnización, sin juicio y ojo que algunos de ellos ni siquiera participaron en lircay, como las heras, que se le dio de baja sólo por no reconocer el congreso de plenipotenciarios, es decir, el gobierno ilegítimo que surgió después del alzamiento de Prieto.
Respecto a Freire. Villalobos le tiene mala, eso está claro, y me parece que es porque dicho investigador admira a Barros Arana y él es precisamente quién denosta la figura del ilustre capitán general.
Respecto a su expedición. No se puede ser golpista frente a un gobierno ilegítimo que incurre en toda clase de abusos, incluyendo persecusiones y asesinatos. Por otra parte, no existen pruebas fehacientes que dicha expedición estuviera organizada por Perú, de hecho la organizaron los exiliados en Lima y por eso fue tan piñufla. De haber contado con apoyo de Santa Cruz no habrían sido 2 barcos todos cagones, habría sido algo más elaborado. Francisco Bilbao, hijo de Manuel Bilbao, uno de los que organizaron dicha expedición sostiene que ellos financiaron todo y que de hecho Santa Cruz ni siquiera sabía el motivo por el cual arrendaron los barcos. Ahora bien, si Portales culpó a Santa Cruz fue únicamente para justificar una guerra que no tenía justificación. Él necesitaba un pretexto para declararla y apoderarse del comercio pacífico.
Yo al menos admiro la gallardía de Freire y de los demás exiliados al querer liberar a la patria del yugo del tirano. El ipo era un liberal, que se opuso al despotismo español primero, luego al despotismo de ohiggins y finalmente al de Portales. Un tipo consecuente y valiente que estuvo en todas las campañas de la independencia y que fue dado de baja y perseguido injustamente al igual que los otros padres de la patria. Por eso lo tengo de avatar, porque es un ejemplo de demócrata, un soldado-ciudadano y no un soldado mercenario, defensor de la élite.