impedancibolivariano
Bestia
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le explicare a los bertos, dejen de informarse en matinales y escuchar a periodistas callampas y vean las publicaciones en revistas científicas
Sobre la nueva cepa de SARS-COV2 detectada en el Reino Unido
Este verano se originó en España una variante del coronavirus SARS-CoV-2 llamada 20A.EU1; se caracteriza por la mutación A222V en la espícula del virus, además de la famosa mutación D614G, entre otras en otros genes; no hay evidencias de que sea más letal o más infectiva. Ahora es noticia una nueva variante originada en el sureste de Inglaterra (Reino Unido) llamada de forma provisional como VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01); las evidencias epidemiológicas indican que es más infectiva, aunque no parece ser más letal. Se caracteriza por nueve mutaciones en la espícula, entre las que destacan N501Y en el dominio de unión al receptor, que está asociada a mayor infectividad en modelos animales, y P681H justo al lado del sitio de escisión por la furina, cuyo efecto se desconoce. Otras mutaciones que presenta son A570D, D614G, P681H, T716I, S982A y las deleciones H69–V70 e Y144. No sabe cómo afectan a la eficacia de las vacunas, pero se espera que no tengan efectos significativos. Por si las moscas, para minimizar su propagación por toda Europa, muchos países europeos han restringido los viajes a Reino Unido.
La variante británica VUI 202012/01 (también llamada B.1.1.7) presenta 29 sustituciones de nucleótidos y 14 sustituciones de aminoácidos en la proteína espicular respecto al genoma de referencia del SARS-CoV-2 (el primero publicado a partir de una muestra de Wuhan, China). La espícula de este coronavirus está mutando a un ritmo de dos mutaciones al mes; así, se espera que las nuevas variantes presenten unas 22 sustituciones de nucleótidos en lugar de 29; no se sabe por qué la nueva variante VUI 202012/01 presenta más mutaciones de las esperadas (quizás mutó tanto en un solo paciente que estuvo infectado durante un periodo mucho más largo de lo habitual). Por cierto, la deleción H69–V70 ya se observó en visones de granjas en Dinamarca, pero no hay ninguna evidencia que indique alguna relación entre los visones y la nueva variante; en visones también se identificó la mutación N501T (pero no la N501Y).
Me gustaría destacar que las vacunas basadas en ARN, tanto las que usan nanopartículas lipídicas (ModeRNA y Pfizer–BioNTech) como las que usan adenovirus (Sputnik 5 y Oxford–AstraZeneca), se pueden modificar de forma sencilla para que incorporen las mutaciones en la espícula de la nueva variante; así se podría vacunar de forma específica y diferenciada a la población en regiones dominadas por dicha variante. Más información sobre la nueva variante en «Threat Assessment Brief: Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom,» European Centre for Disease Prevention and Control, ECDC (20 Dec 2020) [PDF] y en Andrew Rambaut, Nick Loman, …, Erik Volz (COVID-19 Genomics Consortium UK, CoG-UK), «Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations,» Virological.org (20 Dec 2020). Sobre la variante de origen español citada recomiendo Emma B. Hodcroft, Moira Zuber, …, Richard A. Neher, «Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020,» medRxiv preprint 20219063 (27 Nov 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.10.25.20219063. Sobre la mutación D614G y su infectividad recomiendo leer «In vitro, la mutación D614G de la espícula del coronavirus SARS-CoV-2 incrementa su infectividad», LCMF, 13 jun 2020.
Por cierto, se ha observado otra variante del coronavirus con la mutación N501Y en Sudáfrica, que también presenta la mutación D614G, pero que no tiene nada que ver con la variante británica (el resto de sus mutaciones son diferentes, de hecho pertenece al clado 20C en lugar de al 20Bclado 20C en lugar de al 20B). Puedes ver todas los genomas británicos que contienen N501Y en NextStrain; como puedes ver la mayoría, pero no todos, pertenecen a la nueva variante B.1.1.7.
La caracterización mediante epidemiología genómica de una nueva variante del coronavirus es el primer paso; conocer sus consecuencias biomédicas requiere estudios de laboratorio in vitro, preclínicos in vivo en modelos animales y clínicos en pacientes. Se necesitarán muchas semanas para conocer en detalle los resultados de estos estudios. Ahora mismo solo se dispone de información genómica de la que se puede obtener conclusiones parciales (en función de si alguna de las mutaciones de la nueva variante se han estudiado de forma específica en algún estudio previo). Por ello, el principio de precaución requiere ser muy cautos sobre las posibles implicaciones de la nueva variante.
La nueva variante pertenece al linaje B.1.1.7, al clado 20B de Nextstrain y al clado GR de GISAID. Las mutaciones más relevantes (en relación a su infectividad y a su efecto sobre las vacunas) son las mutación de la proteína espicular del coronavirus. Solo se han estudiado en detalle tres mutaciones: N501Y (A23063T), el cambio en el nucleótido de la posición 23063 del ARN del coronavirus de una adenina (A) por una timina (T), lo que implica un cambio en el aminoácido de la posición 501 de la proteína espicular de una asparagina (N) por una tirosina (Y); P681H (C23604A), el cambio de un citosina (C) por una adenina (A) en el nucleótido 23604 del ARN, lo que implica la sustitución de una prolina (P) por una histidina (H) en el aminoácido 501; y la deleción H69–V70 (21765–21770), el borrado de los seis nucleótidos entre las posiciones 21765 y 21770, inclusive, del ARN, que implican el borrado de dos aminóacidos, una histidina (H) y una valina (V). Se han descrito efectos asociados a estas tres mutaciones: N501Y incrementa la afinidad de la espícula por el receptor ACE2 humano; H69–V70 parece que ayuda a que el coronavirus evada la respuesta inmunitaria en humanos (aunque esto no está del todo claro); y P681H es adyacente al sitio de escisión por la furina (aunque tampoco está claro su efecto durante la infección mediada por la furina en lugar de por la TMPRSS2).
Se sabe muy poco respecto a las mutaciones en otros genes. La mutación Q27stop (C27972T) en el gen ORF8, una citosina (C) por una timina (T) en la posición 27972 del ARN, que implica que se corta la traducción de la proteína antes de tiempo al sustituir una glutamina (Q) por un codón de parada (Stop), podría implicar que la proteína ORF8 de 121 aminoácidos pierda su función bioquímica al ser truncada a solo 26 aminoácidos; sin embargo, no está claro cuál es su efecto. Una deleción similar en una variante observada en Singapur se asoció a una infección más leve; sin embargo, dicha variante desapareció a finales de marzo, gracias a las medidas de confinamiento y contención de la pandemia. Como resultado, no se puede inferir que la mutación ORF8:Q27stop también conduzca a una infección más leve. En cuanto a las mutaciones restantes, se desconoce su efecto sobre el coronavirus (que seguro que será estudiado en los próximos meses).
Lo único que parece claro, y lo que ha generado la alarma actual, es que la nueva variante tiene una mayor capacidad de infección en personas menores de 60 años. Se estima que incrementa el número de reproducción R0 en 0.4 (es decir, en un 70 %). El número de casos ha crecido de forma muy rápida, mucho más de lo habitual con otras variantes, lo que ha elevado todas las alertas de vigilancia genómica y epidemiológica. El primer genoma del linaje B.1.1.7 se identificó en el condado de Kent, sureste de Inglaterra, el 20 de septiembre de 2020, y el segundo el 21 de septiembre de 2020 en el Gran Londres; el 15 de diciembre ya había 1623 genomas identificados en el linaje B.1.1.7 (519 muestreados en el Gran Londres, 555 en Kent, 545 en otras regiones del Reino Unido, incluidas Escocia y Gales, y 4 en otros países).
En resumen, se desconoce cómo afecta la nueva variante B.1.1.7 al curso de la enfermedad, pero parece claro que su infectividad es mayor que la de otras cepas. Por ello, hay que extremar las medidas de prevención mientras se ignoren sus consecuencias. Trataré de hacerme eco de los resultados que se publiquen en futuros estudios sobre esta variante, en especial sobre su impacto en el curso de la enfermedad COVID-19, y sobre la eficacia y efectividad de las vacunas.
En resumen
Yo había comentado en en regiones de Europa hace meses atras se habían comenzado a observar mutaciones en la proteina espicular del sars-cov2, esta es un trímero, tiene tres segmentos altamente glicolizados (tiene adosados carbohidratos en sus uniones) esta mutación hace que la protenina espicular reacciones más rápidos con los recpetores celulares ACES2, donde de produnce la enima convertidora de angitosina que regula la vasoconscripción, No obstante, por ser una mutación de su espícula, no debería ser más letal, ya que no es una mutación del ARN viral, pero sí mucho más infeccioso. Lo tranquilizador es que las vacunas y específicamente la de Pfizer-Biontech siguen siendo efectivas en este caso
Sobre la nueva cepa de SARS-COV2 detectada en el Reino Unido
Este verano se originó en España una variante del coronavirus SARS-CoV-2 llamada 20A.EU1; se caracteriza por la mutación A222V en la espícula del virus, además de la famosa mutación D614G, entre otras en otros genes; no hay evidencias de que sea más letal o más infectiva. Ahora es noticia una nueva variante originada en el sureste de Inglaterra (Reino Unido) llamada de forma provisional como VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01); las evidencias epidemiológicas indican que es más infectiva, aunque no parece ser más letal. Se caracteriza por nueve mutaciones en la espícula, entre las que destacan N501Y en el dominio de unión al receptor, que está asociada a mayor infectividad en modelos animales, y P681H justo al lado del sitio de escisión por la furina, cuyo efecto se desconoce. Otras mutaciones que presenta son A570D, D614G, P681H, T716I, S982A y las deleciones H69–V70 e Y144. No sabe cómo afectan a la eficacia de las vacunas, pero se espera que no tengan efectos significativos. Por si las moscas, para minimizar su propagación por toda Europa, muchos países europeos han restringido los viajes a Reino Unido.
La variante británica VUI 202012/01 (también llamada B.1.1.7) presenta 29 sustituciones de nucleótidos y 14 sustituciones de aminoácidos en la proteína espicular respecto al genoma de referencia del SARS-CoV-2 (el primero publicado a partir de una muestra de Wuhan, China). La espícula de este coronavirus está mutando a un ritmo de dos mutaciones al mes; así, se espera que las nuevas variantes presenten unas 22 sustituciones de nucleótidos en lugar de 29; no se sabe por qué la nueva variante VUI 202012/01 presenta más mutaciones de las esperadas (quizás mutó tanto en un solo paciente que estuvo infectado durante un periodo mucho más largo de lo habitual). Por cierto, la deleción H69–V70 ya se observó en visones de granjas en Dinamarca, pero no hay ninguna evidencia que indique alguna relación entre los visones y la nueva variante; en visones también se identificó la mutación N501T (pero no la N501Y).
Me gustaría destacar que las vacunas basadas en ARN, tanto las que usan nanopartículas lipídicas (ModeRNA y Pfizer–BioNTech) como las que usan adenovirus (Sputnik 5 y Oxford–AstraZeneca), se pueden modificar de forma sencilla para que incorporen las mutaciones en la espícula de la nueva variante; así se podría vacunar de forma específica y diferenciada a la población en regiones dominadas por dicha variante. Más información sobre la nueva variante en «Threat Assessment Brief: Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom,» European Centre for Disease Prevention and Control, ECDC (20 Dec 2020) [PDF] y en Andrew Rambaut, Nick Loman, …, Erik Volz (COVID-19 Genomics Consortium UK, CoG-UK), «Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations,» Virological.org (20 Dec 2020). Sobre la variante de origen español citada recomiendo Emma B. Hodcroft, Moira Zuber, …, Richard A. Neher, «Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020,» medRxiv preprint 20219063 (27 Nov 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.10.25.20219063. Sobre la mutación D614G y su infectividad recomiendo leer «In vitro, la mutación D614G de la espícula del coronavirus SARS-CoV-2 incrementa su infectividad», LCMF, 13 jun 2020.
Por cierto, se ha observado otra variante del coronavirus con la mutación N501Y en Sudáfrica, que también presenta la mutación D614G, pero que no tiene nada que ver con la variante británica (el resto de sus mutaciones son diferentes, de hecho pertenece al clado 20C en lugar de al 20Bclado 20C en lugar de al 20B). Puedes ver todas los genomas británicos que contienen N501Y en NextStrain; como puedes ver la mayoría, pero no todos, pertenecen a la nueva variante B.1.1.7.
La caracterización mediante epidemiología genómica de una nueva variante del coronavirus es el primer paso; conocer sus consecuencias biomédicas requiere estudios de laboratorio in vitro, preclínicos in vivo en modelos animales y clínicos en pacientes. Se necesitarán muchas semanas para conocer en detalle los resultados de estos estudios. Ahora mismo solo se dispone de información genómica de la que se puede obtener conclusiones parciales (en función de si alguna de las mutaciones de la nueva variante se han estudiado de forma específica en algún estudio previo). Por ello, el principio de precaución requiere ser muy cautos sobre las posibles implicaciones de la nueva variante.
La nueva variante pertenece al linaje B.1.1.7, al clado 20B de Nextstrain y al clado GR de GISAID. Las mutaciones más relevantes (en relación a su infectividad y a su efecto sobre las vacunas) son las mutación de la proteína espicular del coronavirus. Solo se han estudiado en detalle tres mutaciones: N501Y (A23063T), el cambio en el nucleótido de la posición 23063 del ARN del coronavirus de una adenina (A) por una timina (T), lo que implica un cambio en el aminoácido de la posición 501 de la proteína espicular de una asparagina (N) por una tirosina (Y); P681H (C23604A), el cambio de un citosina (C) por una adenina (A) en el nucleótido 23604 del ARN, lo que implica la sustitución de una prolina (P) por una histidina (H) en el aminoácido 501; y la deleción H69–V70 (21765–21770), el borrado de los seis nucleótidos entre las posiciones 21765 y 21770, inclusive, del ARN, que implican el borrado de dos aminóacidos, una histidina (H) y una valina (V). Se han descrito efectos asociados a estas tres mutaciones: N501Y incrementa la afinidad de la espícula por el receptor ACE2 humano; H69–V70 parece que ayuda a que el coronavirus evada la respuesta inmunitaria en humanos (aunque esto no está del todo claro); y P681H es adyacente al sitio de escisión por la furina (aunque tampoco está claro su efecto durante la infección mediada por la furina en lugar de por la TMPRSS2).
Se sabe muy poco respecto a las mutaciones en otros genes. La mutación Q27stop (C27972T) en el gen ORF8, una citosina (C) por una timina (T) en la posición 27972 del ARN, que implica que se corta la traducción de la proteína antes de tiempo al sustituir una glutamina (Q) por un codón de parada (Stop), podría implicar que la proteína ORF8 de 121 aminoácidos pierda su función bioquímica al ser truncada a solo 26 aminoácidos; sin embargo, no está claro cuál es su efecto. Una deleción similar en una variante observada en Singapur se asoció a una infección más leve; sin embargo, dicha variante desapareció a finales de marzo, gracias a las medidas de confinamiento y contención de la pandemia. Como resultado, no se puede inferir que la mutación ORF8:Q27stop también conduzca a una infección más leve. En cuanto a las mutaciones restantes, se desconoce su efecto sobre el coronavirus (que seguro que será estudiado en los próximos meses).
Lo único que parece claro, y lo que ha generado la alarma actual, es que la nueva variante tiene una mayor capacidad de infección en personas menores de 60 años. Se estima que incrementa el número de reproducción R0 en 0.4 (es decir, en un 70 %). El número de casos ha crecido de forma muy rápida, mucho más de lo habitual con otras variantes, lo que ha elevado todas las alertas de vigilancia genómica y epidemiológica. El primer genoma del linaje B.1.1.7 se identificó en el condado de Kent, sureste de Inglaterra, el 20 de septiembre de 2020, y el segundo el 21 de septiembre de 2020 en el Gran Londres; el 15 de diciembre ya había 1623 genomas identificados en el linaje B.1.1.7 (519 muestreados en el Gran Londres, 555 en Kent, 545 en otras regiones del Reino Unido, incluidas Escocia y Gales, y 4 en otros países).
En resumen, se desconoce cómo afecta la nueva variante B.1.1.7 al curso de la enfermedad, pero parece claro que su infectividad es mayor que la de otras cepas. Por ello, hay que extremar las medidas de prevención mientras se ignoren sus consecuencias. Trataré de hacerme eco de los resultados que se publiquen en futuros estudios sobre esta variante, en especial sobre su impacto en el curso de la enfermedad COVID-19, y sobre la eficacia y efectividad de las vacunas.
En resumen
Yo había comentado en en regiones de Europa hace meses atras se habían comenzado a observar mutaciones en la proteina espicular del sars-cov2, esta es un trímero, tiene tres segmentos altamente glicolizados (tiene adosados carbohidratos en sus uniones) esta mutación hace que la protenina espicular reacciones más rápidos con los recpetores celulares ACES2, donde de produnce la enima convertidora de angitosina que regula la vasoconscripción, No obstante, por ser una mutación de su espícula, no debería ser más letal, ya que no es una mutación del ARN viral, pero sí mucho más infeccioso. Lo tranquilizador es que las vacunas y específicamente la de Pfizer-Biontech siguen siendo efectivas en este caso
