El juego tiene lugar en un transcurso de tres días durante el año 2013, comenzando en la
Ciudad de México. Un avión espía de
EE.UU. transporta al Guardrail IX, un dispositivo capaz de interrumpir las comunicaciones inalámbricas, el cual es derribado en
Nicaragua. Inteligencia descubre un complot para transferir el dispositivo a rebeldes en la ciudad de México y los Ghosts son enviados para recuperarla. Uno de los rebeldes se identifica como el coronel Carlos Ontiveros, hijo del mexicano Gen Ontiveros quien era un estudiante de Bud, amigo de Mitchell y un piloto de UH-60s. La misión se interrumpe cuando un golpe de estado comienza en la Ciudad de México y los Ghosts son enviados de inmediato a la capital mexicana, donde una cumbre de la participación de los 3 dirigentes, el presidente de EE.UU., el presidente Ballantine, el presidente de México, el presidente Ruiz-Peña, y un anónimo primer ministro canadiense, se reúnen para firmar el Acuerdo de Seguridad Conjunta Norteamericana (NAJSA, en inglés), una política para controlar la inmigración ilegal, el terrorismo y el tráfico de drogas. Mientras esta es llevada a cabo, la cumbre es atacada por revolucionarios rebeldes mexicanos que matan el Primer Ministro de Canadá, y obligan a los presidentes de EE.UU. y de México a la clandestinidad. Mitchell es enviado para extraer a los dos líderes.
El presidente Ballantine es evacuado con seguridad al avión presidencial
Air Force One, pero este no es capaz de despegar debido al peligro de ser derribado. El presidente Ruiz-Peña es evacuado a la Embajada de EE.UU. en la Ciudad de México, donde una bomba destruye la embajada, pero los Ghosts la defiendes de un ataque masivo el tiempo suficiente como para que llegue la ayuda. Es entonces que el presidente de México, Ruiz-Peña da "luz verde" al gobierno norteamericano y permite a las fuerzas estadounidenses intervenir militarmente para combatir a los rebeldes y restablecer el orden. Mitchell, nuestro protagonista, tiene la tarea de destruir la artillería para abrir el camino para un asalto en
Chapultepec, donde tanques 50 M1A2 Abrams dados al gobierno mexicano como parte de la NAJSA fingen estar inactivos. Más tarde, se ordenó rescatar al grupo asesor estadounidense que había estado entrenando a los mexicanos sobre cómo usar los tanques, y "pedir prestados" algunos.
Los rebeldes usan entonces al Guardrail IX para vigilar las comunicaciones de EE.UU. y un grupo de fuerzas especiales rebelde llamado Águila 7 emboscan a los Ghosts que protegían al presidente Ballantine. Entonces le ordenan a Mitchell rescatarlo, lo que le es extremadamente difícil ya que al activar al Guardrail IX, su
HUD, sus comunicaciones con su control y líderes queda deshabilitado, sin mencionar que los rebeldes son capaces de controlar los misiles balísticos intercontinentales de Estados Unidos, que hacen
China y
Rusia por su propia cuenta.
Entonces le ordenan a Mitchell recuperar al Guardrail IX, pero sólo termina desactivándola. Su equipo es planteado a continuación para eliminar varios bloqueos en la Ciudad de México para permitir que los tanques estadounidenses puedan pasar. Mientras que se extrae al Mayor General Martín en un helicóptero Halcón Negro UH-60, este es derribado y le ordenan a Mitchell defenderlo hasta que pueda ser extraído. Entonces EE.UU. obliga a continuación, iniciar una ofensiva final hacia el
Zócalo, plaza donde el general Ontiveros se encuentra en el interior del
Palacio Nacional.
Mitchell destruye las últimas piezas restantes del Guardrail IX antes de colarse en el palacio. El general Ontiveros estaba allí, acorralado mientras intentaba huir de Mitchell. Carlos Ontiveros consigue escapar y destruye el Black Hawk de Bud (amigo y compañero de Mitchell), matando a Bud en el proceso. Mitchell vuela a la embajada de EE.UU. destrozado, entonces comienza a transferir a un lugar seguro los códigos del arsenal nuclear de EE.UU.. Mitchell y su equipo de asalto de la embajada, recuperan y matan a Carlos, no sin antes descubrir que un general retirado del ejército de EE.UU. se opuso a la NAJSA, y se descubre que este ex general era el dentro del gobierno de EE.UU., el cual había estado detrás de todo lo ocurrido al haber a C. Ontiveros y los Águila 7 en sus actividades.
