Tú no quieres saber la composición de un vino, quieres saber si la calidad de la producción es la adecuada, y para ello debes muestrear distintas botellas por lote .... y eso que tu hipótesis es que todas las botellas del lote tienen la misma composición, una hipótesis muy distinta si considerar la variabilidad genética de una población humana y más si es un bicho que muta aún más rápido ...
Por otro lado, no secuencias para ver la proporción de Delta, para eso solo faltaría un PCR, secuencias para identificar nuevas variantes/mutaciones ... no solo una. Y la representativdad de la muestra es lo que importa. Cómo asegura representativdad con un muestreo aleatorio a menos del 5% de la población ? Y que lo más seguro sea solo de muestras provenientes de Santiago ?