Primero aclaremos conceptos, la segunda ley de la termodinámica afirma que el calor no fluirá espontáneamente desde un cuerpo frío a uno caliente o, lo que es equivalente, que la entropía total (la medida de energía útil) en un sistema cerrado no disminuirá. En otras palabras la segunda ley de la termodinámica no establece que un sistema siempre perderá el orden o se mantendrá igual, en realidad dice que “En cualquier
sistema cerrado , la entropía del sistema permanecerá constante o aumentará”. Lo importante es entender el término "sistema cerrado" la Tierra no es un sistema cerrado, ganamos energía de calor irradiado por el sol. Con suerte, ahora puede unir los puntos y comprender por completo que, de hecho, es posible aumentar el orden de un sistema cuando no es un sistema cerrado, la luz del sol (con baja entropía) brilla sobre ella y el calor (con entropía elevada) irradia fuera de ella. Este flujo de energía y el cambio de la entropia que lo acompaña, pueden y, en efecto, provocarán disminuciones locales de la entropía en la Tierra.
Otra cosa es que entropía no es sinónimo de desorden. En ocasiones, ambos conceptos se relacionan, pero a veces el orden aumenta al mismo tiempo que la entropía, ejemplos:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10411499&prev=search
“Normalmente, la entropía es una fuerza de desorden más que de organización. Pero los físicos han explorado recientemente las formas en que un aumento de la entropía en una parte de un sistema puede forzar a otra parte a un orden mayor. Los hallazgos han reavivado la especulación de que las células vivas podrían aprovechar este truco poco conocido de la física.”
http://science.sciencemag.org/content/279/5358/1849
Además, la entropía puede usarse para producir orden en moléculas:
Separación de moléculas de ADN largas en una matriz de trampa entrópica microfabricada.
Un dispositivo de canal nanofluídico, que consiste en muchas trampas entrópicas, fue diseñado y fabricado para la separación de moléculas largas de ADN. El canal comprende estrechas constricciones y regiones más amplias que causan la captura de ADN dependiente del tamaño al inicio de una constricción. Este proceso crea diferencias de movilidad electroforética, lo que permite una separación eficiente sin el uso de una matriz de gel o campos eléctricos pulsados. Las muestras de moléculas de ADN largas (de 5000 a aproximadamente 160,000 pares de bases) se separaron eficazmente en bandas en canales de 15 milímetros de longitud. Se demostraron dispositivos de múltiples canales operando en paralelo. La eficiencia, compacidad y facilidad de fabricación del dispositivo sugieren la posibilidad de sistemas de análisis de ADN integrados más prácticos.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10807568
Entonces tenemos que incluso en otros sistemas podemos tener bajas en la entropía mientras se compense en otro lado
Esta relación entre entropía y evolución se a estudiado y solo los creacionistas e izquierdistas, insisten en estupideces de argumentos:
La ciencia de la termodinámica se ocupa de comprender las propiedades de la materia inanimada en la medida en que están determinadas por los cambios de temperatura. La Segunda Ley afirma que en los procesos irreversibles hay un aumento unidireccional en la entropía termodinámica, una medida del grado de incertidumbre en el estado de energía térmica de una partícula elegida al azar en el agregado. La ciencia de la evolución se ocupa de comprender las propiedades de las poblaciones de materia viva en la medida en que están reguladas por los cambios en el tiempo de generación. La teoría de la direccionalidad, un modelo matemático del proceso evolutivo, establece que en poblaciones sujetas a restricciones de crecimiento limitadas, hay un aumento unidireccional en la entropía evolutiva, una medida del grado de incertidumbre en la edad del antecesor inmediato de un elegido al azar recién nacido. Este artículo revisa las bases matemáticas de la teoría de la direccionalidad y analiza la relación entre la teoría de la direccionalidad y la termodinámica estadística. Explotamos una relación analítica entre la temperatura y el tiempo de generación, para mostrar que el principio de direccionalidad para la entropía evolutiva es una extensión no equilibrada del principio de un aumento unidireccional de la entropía termodinámica. La relación analítica entre estos principios de direccionalidad es consistente con la hipótesis de la equivalencia de leyes fundamentales a medida que se asciende en la jerarquía, desde un conjunto molecular donde se aplican las leyes termodinámicas, a una población de entidades replicantes (moléculas, células, organismos superiores). donde prevalecen los principios evolutivos.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519300921064
Hay autores que han ido mas alla y han propuesto que sistemas complejos con un orden elevado emergen y evolucionan para disipar energía (y aumentar la entropía total) de forma más eficiente
http://izt.ciens.ucv.ve/ecologia/Archivos/Referencias/stu/schneider_kay-mathcompmod94.pdf
En conclusión solo en la cabeza de los creacionistas e izquierdistas, la evolución viola la 2 ley.