Dos vías:
1. Recurso de protección contra la madre o la autoridad eclesiastica (ojo, deben cumplir reglas del código canonico para bautizar). El fundamento del recuso será vulneración a la libertad de culto y convención de derechos del niño, cada persona por sí misma -atendido su grado de desarrollo madurez y discernimiento- es la que debe escoger su propia via en la espiritualidad. El ejercicio de la libertad de culto y elección de un credo es personalismo, y los padres no pueden - en principio- escoger en ese punto por el hijo.
Un poco de info para que puedas entender el contexto.
Tecnicamente no necesitas patrocinio de abogado para interponerlo, pero sin éste no podrás alegarlo ante la corte de apelaciones respectiva. Esto sin embargo, es levantar armas contra tú pareja y separación directa, corte de agua, divorcio, y escupitajos. (casos en Chile muy pocos, casi ninguno. Casos en España y Francia por muchos)
2. A futuro si tú hija no resulta canuta y el hecho de haberla bautizado resulte un problema valorico para ella: la apostasía es la solución. Apostasía, consiste en una renuncia formal del credo y abandono de la fe en jesuscristo hecha ante autoridad religiosa regional, se presenta un solicitud escrita y se ratifica la declaración ante un sacerdote. Será la solución si por ej: quiere casarse con un judío o se convierte al islam para servir a Estado Islamico.
Más info aquí.
Pensé que la elite experta en derecho canónico respondería en las primeras pags.