Como supongo que sabes los pares de cromosomas son de diferente tamanho, por lo tanto incluyen diferentes cantidades de material genetico.Así, no necesariamente una mayor cantidad de cromosomas significa una mayor variedad genética.
Aunque se me ocurren factores adicionales. Como las cantidades de material genético a primera vista "inútil", cuya función hasta ahora no se ha podido determinar con certeza (se supone que son responsables de la coordinación de procesos a nivel celular por lo que sé). Estos genes logicamente ocupan un espacio físico e influyen el tamanho total de un cromosoma.
Y ésta es una suposición propia...de especie a especie cambia la estructura cromosomal, debido a diferentes cantidades de las respectivas bases.
Eso...y no apliqué wikipedia jeje