Desconozco si se puede tomar un tour directo desde allá, pero te puedo explicar como se puede hacer el viaje en bus y luego tomar un tour allá mismo en Cusco (que fue lo que yo hice)
Importante
Lo más importante es tener las reservas para entrar a Machu Picchu (ese trámite creo que se puede hacer por internet con tarjeta de crédito pero yo no lo hice así). Las agencias de viaje por ningún motivo te pueden asegurar entradas a Machu Picchu (aunque te lo mencionen algunas agencias, no se puede, si te dicen eso es porque te intentan cagar), ya que la compra se hace directo en Aguas Calientes antes de subir, en Cusco tienen un límite de venta de entradas mucho menor por día ya que el privilegio de venta lo tiene la municipalidad de Aguas Calientes, los tickets van a tu nombre, con RUT y todo, así que son exclusivos y por lo tanto una agencia no te puede reservar nada.
Tipos de Tickets
Hay distintos tipos de tickets para Machu Picchu:
1) Ciudadela (el que tiene más disponibilidad)
2) Ciudadela y montaña (uno no tan conocido, se sube una montaña que es más alta que Huayna Picchu y puedes observar la ciudadela desde más arriba)
3) Ciudadela y Huayna Picchu (El típico cerro que se ve de fondo en las fotos que parece nariz, no es tan alto como la montaña pero la subida es bastante peligrosa, hay videos en Youtube)
4) Camino del Inca (es el que tiene menos disponibilidad, se compra casi con un mes de anticipación, si tienes suerte encontrarás antes)
En temporada alta nos dieron el ticket Ciudadela+Montaña para 3 días después en la agencia oficial turística de Cusco, pero la gente que tomó después el tour con nosotros compró allá en Aguas Calientes los tickets de Ciudadela para el día siguiente sin problemas.
Dejando claro eso, te puedo explicar como hacer el viaje en bus y tomar un tour en Cusco (cuando llegues a Perú, te invadirán weones ofreciéndote llegar a Machu Picchu).
Tour
Desde Arica pasando a Tacna tienes buses que van directo a Cusco, los mejores son los Cruz del Sur (también son los más caros) y otros más piolas son los Civa, pero creo que los Cruz del Sur solo llegan hasta Arequipa y desde ahí se puede tomar otro a Cusco. El servicio de esos buses es excelente.
Para llegar a Machu Picchu se hace el siguiente recorrido: Cusco - Hidroeléctrica - Aguas Calientes. El tour que se ofrece generalmente es un día de viaje hacia Aguas Calientes en furgón, al otro día temprano subes a Machu Picchu donde te incluirán un guía y puedes volver ese mismo día a Cusco en furgón o esperar al día siguiente, con alojamiento incluido. Eso es lo que ofrecen todas las agencias turísticas en Cusco u otros lugares.
Más rato te cuento los dramas que tuvimos con el tour, el por qué no recomiendo tomar un tour a Machu Picchu y qué hacer, por el momento te puedo decir que lo más recomendable es irse en tren desde Poroy (a 15 min. de Cusco) u Ollantaytambo (a 1:30 hrs. de Cusco) hasta Aguas Calientes. Los tickets de tren se deben reservar con anticipación ya que cuesta pillarlos.