Hice buena parte de la carretera austral a dedo, pero creo que puedo responderte en cuanto a los imperdibles a los que puedes llegar en auto.
Antes que todo sería importante saber el si llevarás carpa, ya que de ese modo tus posiblidades se amplían mucho, sin la necesidad de tener que irte a la cresta del mundo. De todos modos me pondré en ambos casos.
Viniendo desde Puerto Montt y ya en la Carretera, luego del primer transbordo (considera harta plata para aquéllo en este primer tramo) al llegar a Hornopirén puedes pagar para ir a las Termas de Cahuelmó
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http://www.termas.cl/cahuelmo.html
(no las conocí personalmente). Ya en Caleta Gonzalo, tienes la posibildad de acampar o quedarte en unas cabañas junto al fiordo, desde ahí puedes recorrer el sendero "Las Cascadas" en el cual te pemite apreciar la selvática vegetación de la patagonia noroccidental en su estado natural. A unos 13 kilómetros hacia el sur está el camping Cascadas Escondidas, si no te quedas en él, de todas maneras puedes estacionar el auto a un lado del camino y hacer el sendero que queda junto al camping (muy bonito y sin dificultad, salvo algunas zonas resbalosas) y el sendero "Los Alerces" que queda un kilómetro hacia el norte (km 12). La mayoría de los otros senderos puedes realizarlos de la misma manera (dejando el auto a un lado) y son de dificultad variable (más info en:
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www.parquepumalin.cl/pumalin_oeste.htm
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Ya en Chaitén, te recomeniendo conozcas el Glaciar Yelcho (Ruta Patrimonial Río Ventisquero) el camino te permite llegar HASTA el glaciar y estar junto a los bloques de hielo.. No es de gran dificultad y a paso lento toma unas seis horas de ida y vuelta.
Desde acá, hacia el este, un imperdible (que sin embargo me perdí) es Futaleufú; acá tienes cabañas, camping, gringas lindas, carrete, rafting, de todo.
Hacia el sur, por la Ruta 7, pasando Villla Santa Lucía y la Junta, llegas a Puyuhuapi, a mi parecer uno de los pueblos más bontos de la carretera, vale la pena quedarse un día para compartir con la gente, y participar en las actvidades locales que se realizan en los veranos.
Siguiendo la carretera, tienes el Parque Nacional Queulat. Es hermoso, por lo que te recomiendo no lo pases por alto. Viniendo desde Puyuhuapi, el primer sendero que tienes es "Ventisquero Colgante", puedes ver el ventisquero a través de un sendro que lleva al mirador, o pagar, creo que $3500 pp para que una embarcación pequeña te lleve a contemplarlo desde abajo por un pequeño lago.
Unos 20 km al sur del sendero ventisquero, tienes el sendero Bosque Encantado, el cual te lleva finalmente a una hermosa laguna de color azul (la última parte del sendero puede ser dficultosa, de todas maneras recomiendo el recorrer al menos un tramo, para conocer el bosque)
Hacia el sur, pasando la cuesta Queulat, llegarás a una bfurcación entre el camino que lleva a Pto. Cisnes y el que lleva a Villa Mañhuales, en mi caso seguí a Mañihuales, si tienes suerte puede que te topes con las "jineteadas".
Siguiendo la ruta, llegas finalmente a Coyhaique (hay dos caminos, uno de ripio hacia el este que pasa por una localidad interior, y que te permite apreciar el drástico contraste entre la patagonia occidental y la oriental -sobre todo en cuanto a vegetación- y el del oeste, que te permite tomar un desvío a Pto. Aysén)
En Coyhaique puedes conocer la plaza (de verdad llama la atención), además en esta venden artesanías de la zona bien bonitas y hay buenos puestos de información, el museo, la iglesia, supermercados y restaurantes cercanos. También está la piedra del indio, en la salida suroriente del pueblo.
Hacia el sur, y suponiendo que sigas la carretera por su brazo occidental (el oriental te llevará a Puerto Ibáñez y desde ahí podrás tomar una embarcación a Chile Chico) te recomiendo hagas una visita a la Reserva, desde Cerro Castillo, el circuito entero toma 4 días, pero puedes arrendar caballos en el pueblo y visitar la laguna por el día, las vistas son maravillosas.
Desde Cerro Castillo hacia el sur, otro imperdible en Puerto Río Tranquilo, puedes arrendar una lanchita para visitar las Cuevas y Catedral de Mármol (unos $5000 pp), también es posible arrendar un furgón que te lleve al Mirador Glaciar Exploradores (o pagarle a una agencia para caminar sobre él)
Hasta acá llegó mi viaje, por lo que no puedo hacer recomendacionas fiables hacia el sur. De todas maneras, por lo que me contó la gente que conocí, imperdibles eran la confluencia del Neff con el Baker, Caleta Tortel y los senderos de Villa O'higgins.
Este verano volveré a conocer lo que quedó pendiente, si me ves, llévame
Ojalá te sirva la info, saludos!