Si la materia se detiene (se anulan las fuerzas, aceleraciones, velocidades, etc), y el tiempo sigue, todavía quedan otros aspectos que considerar, como la temperatura.
De cualquier forma, considerando un caso hipotético (auspiciado por un shot de ayahuasca) en que se detengan todos los átomos del Universo y el tiempo siga, me imagino que, en primer lugar la temperatura bajaría hasta el cero absoluto. Luego, después de los 10.000 años (eso era?) y debido a la atracción de la materia, tarde o temprano toda la materia que existe tendería a colapsar hacia la mayor masa existente en el Universo. Los seres biológicos perecerían instantáneamente luego de pasados los 10.000 años (mientras la materia estuviese detenida no nos daríamos cuenta de nada durante 10.000 años, para luego morir súbitamente por el frío).
El tiempo sí existe.