El juego inicia con tu personaje principal despertando en una nave conocida como
Espiral Endar. La nave esta siendo atacada por los
Sith y tu personaje no sabe quien es ni que sucede. Un soldado de La República llamado Trask te llama y juntos recorren distintas zonas de la nave en busca de la jedi
Bastila Shan. En el camino encuentras al Almirante
Carth Onasi que les informa que Bastila ya escapo de la nave, y que vayan a la última cápsula de emergencia para escapar. Trask se sacrifica deteniendo a los Sith dandole la oportunidad a nuestro personaje a escapar, junto con Carth.
Nuestro personaje principal es, en realidad, un
Lord Sith conocido como
Revan (o Darth Revan). Revan fue tanto un líder carismático como enigmático, un renombrado táctico y experto estratega y un héroe de la República Galáctica durante las
Guerras Mandalorianas, que volvió de las Guerras Mandalorianas como un Lord Sith, denominándose a sí mismo Darth Revan, y desplegando su flota contra las de la República e iniciando la
Guerra Civil Jedi.
Durante dos años y medio la flota de Revan luchó contra la flota de la República y causó un gran impato en ella, antes de que fuese traicionado por su aprendiz
Darth Malak y capturado por la
Orden Jedi.
Gracias a la intervención de Bastila Shan, la mente de Revan estaba seriamente dañada a causa del ataque que recibió de su aprendíz, pero aún con vida. Incapaces de restaurar la memoria del Lord Sith, el
Consejo Jedi arregló lo que pudo de su dañada mente, programándole una nueva identidad: una leal a la República. Durante el siguiente año, Revan (personaje principal) y un grupo de seguidores se proponen rastrear la Galaxia en busca del origen de la fuerza númerica de Malak y de la
Fragua Estelar. A pesar de enterarse de su anterior identidad, rechazó el mal de su pasado, derrotando a Malak y terminando la gran guerra que él empezó y ganandose el nombre de Caballero Prodigio en la posteridad.
Amnesia y controversia
Algunas incertidumbres quedaron preocupando a la secuencia de eventos que causaron la amnesia de Revan. En el material del juego se muestran dos explicaciones aparentemente contradictorias. Bastila Shan le dice a Revan, "Cuando Malak le disparó a tu nave estabas muy mal herido. Pensamos que habías muerto. Tu mente había sido destruida"; sin embargo, todas las otras fuentes en el juego y fuentes posteriores, incluyendo The New Essential Chronology, y el
Databank de StarWars.com, claramente reporta que el
Consejo Jedi eliminó la memoria de Revan.
The New Essential Chronology afirma que "El Consejo Jedi no optó por no encarcelar o ejecutar a Revan. En lugar de ello exploraron con la Fuerza las memorias del cerebro del Jedi Caído, colocando a Bastila a cargo del poderoso guerrero quien ahora era menos que un espacio blanco."
De todas maneras, Revan había recuperado las memorias tomadas por el Consejo Jedi cuando él y su equipo se infiltró en la
Forja Estelar. The New Essential Chronology afirma que, "Ayudado por toda la flota de la República, Revan—ahora en posesión de las memorias que el Consejo le había borrado—asesinó a Malak y destruyó la Forja Estelar sobre
Rakata Prime." Sin embargo, según Bastila, Revan nunca podría recuperar toda su memoria: "Revan, tu mente estaba muy mal dañada para poder recuperar todas tus memorias. Pero tu poder, tu fuerza de voluntad, la esencia de quien y que eres: ¡esas cosas permanecen!"