Compañere,
Para la pregunta 1, un factor importante a considerar sería la carrera. En general, hay un conjunto de universidades que podría considerarse buena a nivel general de sus carreras (Udec,Usach,Utfsm,Uch,Puc,Uai). Sin embargo, ciertamente hay universidades que sin ser de ese grupo podrían ofrecer un buen nivel en carreras en específico (ejemplo la UTEM en informática y comercial,comecio exterior, la Andes odontología, la UNAB me parece también odontología, así con otras).
Por eso, lo importante siempre es informarse bien qué cosa se quiere estudiar.
Ahora, si también es por generalizar, consideraría el mismo grupo que nombré. Esto es netamente experiencia personal, he conocido más gente que opta por desarrollarse académicamente - científicamente, en gente que cursa carreras de pregado en tales universidades. No quiero decir que sean personas de intelectuo superior, pero al menos el desarrollo de esas áreas requiere compararte ya no nivel nacional, sino internacional. Tus papers, publicaciones y trabajos deben ser analizados y enjuiciados por personas que reciben estudios en cualquier lugar de planeta.
Así que para la segunda pregunta, universidades malas malas, que no tengan cosa positiva que nombrar, quizás la UDLA, UBO. No podría nombrar otras, ya que sería principalmente prejuicio y desconocimiento, "poco ruido".