Después de Avengers 4, Peter es revivido y parece que Tony Stark muere en realidad, por lo que Peter estará de duelo. La trama gira alrededor de algo innovador que Stark creó y que fue robado, por lo que Spider-Man debe recuperarlo.
La mayor parte de la película transcurre en Londres, donde Peter y sus amigos se encuentran para asistir a una conferencia auspiciada por Stark Industries. MJ, Ned, Liz, Flash y la tía May regresan, tal como los profesores y estudiantes de la secundaria vistos en la primera película. Supuestamente Gwyneth Paltrow tendrá una aparición como Pepper Potts.
Mysterio es el villano principal. Él es un ladrón internacional y maestro de la ilusión, quien ha robado la creación de Stark por mandato de un misterioso empleador. Aparentemente, hay planes de tener el clásico casco de Mysterio, pero no lo utilizará a lo largo de la película.
Jessica Drew es una agente del MI6 que persigue a Mysterio, quien sin quererlo termina haciendo equipo con Spider-Man para detenerlo. Ella no tiene superpoderes, pero es una experta en combate y en tácticas.
Peter desarrolla una rivalidad con un nuevo estudiante, Alistair Smythe, un prodigio de la tecnología que está decidido a eclipsarlo. Smythe es "manipulador" e intenta hacer que los amigos de Peter se alejen de él. Su padre, Spencer Smythe, trabaja para Stark Industries.
Vulture y Scorpion tendrán pequeños papeles. Scorpion está aparentemente trabajando para el mismo hombre que contrató a Mysterio y ellos intentan que Vulture traicione a Spider-Man y revele su identidad.
El hombre que contrato a Mysterio es aparentemente un personaje importante en los comics y sería importante en las siguientes películas de Spider-Man. No se ha revelado de quién se trata, pero tendrá una pequeña aparición en esta película. Marvel y Sony tienen en la mira a actores conocidos para este papel, aunque por el momento no se ha contratado a nadie, pero se espera que esta sea una gran revelación dentro de la película.
Sí, están armando a los Sinister Six, pero eso no significa que aparezcan todos juntos en la tercera película.
El título de la secuela sería SPIDER-MAN: FIELD TRIP.