Mmm te dejo mi aporte:
Por como lo describes se puede asociar a dos posibles causas:
1) Aveces el semen puede salir con tincion amarilla o de color castaño, cuando previo a la eyaculacion, tuvo lugar un proceso de miccion (orinar). Esto pasa porque pueden quedar restos de orina y sus sedimentos en la uretra, especificamente el tercio distal o caudal, que es la parte "comun" del conducto que comparten en recorrido la orina y el semen. Lo cual genera esta "tincion".
Tambien puede ocurrir que por un proceso de muerte prematura de los espermios que quedaron alojados post eyaculacion en los conductos teste uretrales, se inicia el proceso de degradacion celular y esto genera el cambio de color.
Ambas descripciones son benignas.
2) Uretritis, basicamente una inflamacion que puede ser aguda o cronica, y que puede, como tambien no, estar asociada a un proceso infeccioso, ya sea por infeccion oportunista o ITS. Para que se tiña el semen, tiene que ser del tipo infecciosa. Ya que, los patogenos suelen generar detritus celulares que pueden provocar la tincion del semen.
Algunas patologias prostaticas tambien pueden generar esto, esperemos no sea tu caso.
Y para resumidas cuentas, cualquier tipo de condicion o patologia que genere sangrado puede provocar tambien tinciones del semen. No detallo mas porque es una lista bastante grande.
Ahora en cuanto al dolor, eso ya es preocupante. Porque para que te duela pene y testes, ya es necesario una infeccion compleja, una torsion / trauma testicular u alguna obstruccion de conductos eferentes / deferentes.
¿Que te recomiendo?
Bueno lo principal ya te lo dijeron aca, MEDICO, de preferencia Urologo.
¿Que te debieran pedir?
1) Hemograma completo.
2) VHS / PCR.
3) OC C/SED + UROC.
4) PSA / APE.
5) Eco testicular. De preferencia doppler.
6) Cistografia / cistoscopia.
7) Bateria para ETS. Gonorrea, sifilis, VIH, Clamidias y uroplasmas.
Por si tienes dudas, manda MP.
. No implica haber remojado el cochayuyo porsiaca 
ese mismo cilantrito
.
