¿Se puede descontar sueldo por retraso?

legalmente se puede pero por lo general el empleador no wevea a menos que te quieran dar la plr sin indemnizar. y demanda por cualquier wea, el 90% de los casos que terminan en los juzgados del trabajo terminan a favor del trabajador, claro que si es poca plata, va a ser dificil encontrar a un leguleyo que haga la pega por pocas lucas (te cobran del 20 al 30% de lo ganado)

Cuando leo el título del hilo me imagino que la pregunta la hace un down.

Respondiendo tu pregunta: se puede.
Por lo demás, lo mejor es que renuncies pero sin aviso previo, dejar la pega botada de un día para otro, vas con una carta de oferta de otra pega por el doble o un buen monto y los dejas entre la espada y la pared: o te arreglan el contrato y te suben las lucas para igualar la oferta o bien hasta luego. Ojalá un día crítico con harta pega pendiente para que les duela. Olvidate del finiquito si a lo más es 1 palo y en otro lado eso lo puedes recuperar en un año de trabajo, renuncia no más, a lo macho.