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Naruto entreno arduamente con Jiraya tras estos años, y no ha perdido la fe ni las esperanzas de recuperar a su mejor amigo. Aunque hasta el momento no ha mostrado sus nuevas técnicas, Naruto ah agudizado mas sus sentidos y ahora sus estrategias de ataque son mejores, dejando sorprendido a Kakashi. Por otro lado, Naruto aun no tiene pleno control del Kyubi, por lo que suele perder el control y convertirse en toda una amenaza, incluo jiraiya estuvo cerca de morir tras tratar de revertirlo a la normalidad, por ello es que se le asigna a Yamato, único sobrevivente de los experimentos de Orochimaru, y posee entre sus células las del primer hokage, gracias a esto el puede controlar a Naruto y regresarlo a la normalidad a través del collar del primero ( El que Tsunade le regalo a Naruto ). Y si no fuera poco esta Sai, el "reemplazo de Sasuke", cuyas habilidades ninjas consisten en usar sus dibujos como medios de ataque, pero su pasado es misterioso y su actitud es odiosa, lo que provoca su enemistad con Naruto.
Sai fue entrenado por Danzou, el rival del difunto Sarutobi ( el Tercero ), al parecer Danzou quiere unir fuerzas con Orochimaru para derrocar a Tsunade y con el resto de Konoha crear una nueva villa donde finalmente él seria Hokage, para ello Sai sera su intermediario con Orochimaru.
Bueno, aparte de esto, encontramos a Sakura, quien tras la supervision y entrenamiento de Tsunade a obtenido habilidades propias como ninja médico, además de su monstruosa super fuerza, en esta nueva temporada Sakura empieza a pelear seriamente, lo que más quiere ahora es proteger a Naruto y a Sasuke, de la misma forma de como ellos la protegían, sin importan que tenga uqe sacrificar su vida con tal de ser de utilidad para la villa. Sakura pelea junto Chiyoba-sama contra un miembro de Akatsuki, Sasori el mejor marionetista y nieto de Chiboya-sama, al que logran derrotar. Sakura al igual que Naruto tampoco se lleva bien con Sai, cuando llamo traidor a Sasuke lo hizo volar a varios metros de distancia, en este aspecto se puede decir que antes sakura golpeaba para fines cómicos lo que ahora ya no es asi.
Sakura:
Chiyoba-sama:
El resto de ninjas han crecido mucho, en especial akamaru, el perro de kiba, esta ahora gigantesco. Para variar ahora todos son chunnin, incluida Sakura, Naruto se da cuenta que se a quedado muy atrás, tira un grito al saber que Gaara es ahora el Kasekage de la villa de la Arena, y su fuerza es admirada por todos sus subordinados.
Akatsuki empieza a moverse y poco a poco van apareciendo frente a Naruto y compañía, incluyendo a Itachi, el hermano de Sasuke incluso ya esta capturando a otras personas con demonios dentro. Naruto, Sakura y Sai ya son amigos, luego de reencontrarse brevemente con Sasuke (y posterior huida), Naruto empieza a entrenar con Kakashi para aprender un nuevo jutsu mas poderoso que el Rasengan, a la par que sigue sus misiones con Yamato. Ahora en lo último que salio del manga, tras las peleas contra el grupo Akatsuki, Asuma muere irremediablemente frente a Ino, Shikamaru y Chouji y ellos junto a Kakashi intentan vengar su muerte, jutos cunado parecia q serían derrotados, son salvados por la oportuna llegada de Yamato, Sai, Sakura y Naruto con su jutsu mejorado, el Rasengan usando el elemento Viento.