Hay que diferencias lo que es el comportamiento ondulatorio de lo que es el comportamiento corpuscular.
El fotón es una partícula y como tal te lo puedes imaginar como un punto (o corpúsculo, aunque no se puede localizar exactamente; también lo puedes entender como una excitación cuántica del campo electromagnético). Como tal, no importa el medio en el cual la luz viaje, en su escala siempre vera el medio como discreto, y entremedio hay vacío; es decir : un fotón siempre viaja con velocidad c.
Ahora, los fotones no viajan en linea recta: en el medio son "dispersados" (la palabra exacta para este concepto es scattering) por las moléculas y electrones que lo componen alterando su dirección y energía. (Aca incluyo la posibilidad de que una molécula, o átomo, absorba o emita un fotón). Esto se traduce, desde un punto de vista más clásico (u ondulatorio), en que las moléculas del medio se comportan como fuentes de ondas adicionales, generalmente esféricas.
El fenómeno de cambio de velocidad que sufre la luz en un medio es un fenómeno macroscópico y se entiende considerando la luz como un medio: tenemos un frente de onda original y ondas secundarias emitidas por las moléculas que componen el medio. Cuando dos ondas se superponen estas se interfieren, dado que generalmente, el frente secundario no esta en fase con el frente original. Gracias a esto, el haz total en el medio a su vez esta en desfase con el haz original lo cual provoca el cambio de velocidad.
En otras palabras, la interferencia del haz primario con el secundario genera una onda con una velocidad de grupo ( la velocidad con que viaja la información que transporta la onda) inferior a la del vació.
Este desfase depende tanto del material como del haz incidente, y así es como, por ejemplo, la velocidad de propagación depende de la frecuencia de la luz incidente.